A Magyar Élelmiszer-biztonsági Hivatal egyik fő feladata az élelmiszer-biztonsággal közvetlenül vagy közvetetten érintett szervezetekkel, intézményekkel való kapcsolattartás, és munkája is azok tevékenységére, szakmai ismereteire épül. Ezért a 66/2003. számú Kormány rendelet lehetővé teszi a kormányzati és nem kormányzati szervek képviselőinek aktív bevonását a Hivatal tevékenységébe, azáltal, hogy létrehozta a 17 tagú Tudományos Tanácsadó Testületet (a továbbiakban: Tanács).

A Tanács rendeletben meghatározott feladatai:

a) a földművelésügyi és vidékfejlesztési miniszter (a továbbiakban: miniszter) felkérésére véleményt ad a Hivatal feladatkörébe tartozó, illetve működésével kapcsolatos kérdésről,
b) a Hivatal vezetőjének felkérésére szakvéleményt, tanulmányt készít, tudományos kérdésben véleményt nyilvánít, és javaslatot tesz,
c) javaslatot tesz a Hivatal vezetőjének az éves munkaprogramhoz.

A Tanács tagjai a különböző minisztériumok delegálják, az alábbiak szerint: 

• földművelésügyi és vidékfejlesztési miniszter: 4 fő
• egészségügyi miniszter: 2 fő
• gazdasági és közlekedési miniszter: 2 fő 
• szociális és munkaügyi miniszter: 2 fő 
• környezetvédelmi és vízügyi miniszter: 1 fő
• szakmai szervezetek: 2 fő
• tudományos szervezetek: 2 fő
• érdek-képviseleti szervezetek: 2 fő.

A Tanácsba csak a Hivatal feladatainak ellátásához szükséges szakértelemmel rendelkező személy jelölhető.